Il Parco di Veio è ricco di acqua, in quanto si estende nella Valle del Tevere, e in particolare nella sua porzione terminale.
Inoltre, la ricchezza in questa zona vulcanica di acque di falda, ha dato origine a moltissime sorgenti, alcune delle quali caratterizzate da acque minerali fredde e termominerali: ne sono un esempio le acque ferrose nei pressi di Ponte Sodo e dei Bagni della Regina, in prossimità del sito archeologico di Veio e quelle di S. Antonino, dell'Acqua Ferruginosa e del fosso dell'Acqua Forte a Castelnuovo di Porto.
Tre sono i corsi d'acqua principali: il fosso della Torraccia (o di S. Antonino), il torrente Crèmera – Valchetta, e il fosso della Crescenza (o del Fontaniletto). Tutti hanno un andamento a pettine, da nord-ovest a sud-est riversandosi nel Tevere come affluenti di destra e rappresentano un ineguagliabile serbatoio di diversità ambientale e biologica.
Nel corso dei milioni di anni, l'acqua di questi torrenti, scorrendo sul morbido terreno tufaceo, ha lentamente eroso il letto dei fiumi determinando la formazione delle forre, vallate strette e profonde molto suggestive, che oggi rappresentano una delle caratteristiche principali del territorio, anche per la loro straordinaria valenza naturalistica. Purtroppo le condizioni in cui versano attualmente questi corpi idrici destano non poche preoccupazioni. In particolare gli scarichi di diversi centri abitati ancora privi di sistemi di depurazione delle acque reflue, o comunque con impianti malfunzionanti, si aggiungono all'inquinamento proveniente dalla zootecnia e dall'agricoltura e minacciano il già precario equilibrio dei sistemi naturali.
Uno studio svolto nel 2006 dal Parco, in collaborazione con l'Istituto Superiore di Sanità di Roma, ha permesso di investigare lo stato dei corsi d'acqua in termini di qualità ambientale.
E' stato quindi possibile evidenziare le numerose criticità nel territorio del Parco, ma anche identificare nei tratti più a monte, l'importantissima presenza di una comunità animale e vegetale ancora in buono stato.
Proprio questa comunità, infatti, potrà rappresentare in futuro il serbatoio genetico in grado di espandersi nei tratti più a valle quando, grazie ai finanziamenti regionali, il Parco ed i Comuni saranno intervenuti per eliminare le sorgenti di inquinamento.